徐小愚(丁香紫 饰)与玛丽来不及上阁楼便躲进了厕所的隔间，孟书娟(张歆怡 饰)逃跑时突然跌倒在地，她发现自己腿上有很多血，却不明白自己为何突然出血。苏菲(苏晓彤 饰)等人在阁楼里躲着，没等孟书娟上来，她们就把隔间的楼梯收了上去。日军冲进教堂后开始肆无忌惮地抢夺里面值钱的物品，玉墨(宋佳 饰)听到地窖外面有女孩子的动静，她赶紧上去打开地窖的门，发现孟书娟躲在角落里，她把孟书娟带到地窖。孟书娟表示自己就是死在外面也不要跟玉墨在一起，玉墨扇了她一巴掌让她有什么仇等日军走了之后再说。玉墨看到孟书娟腿上的血便明白了一切，她拿来豆蔻(张可佳 饰)的新衣服给孟书娟换上，并让孟书娟不要怕，来月经只是生理现象而已。玛丽越来越不安，她不肯躲在厕所隔间便冲了出去，正好遇到几名日军，日军看到年轻貌美的玛丽就猥琐地冲了上来，玛丽大叫起来。法比(张嘉译 饰)在楼下听到玛丽的哭喊声，他赶紧上楼制止日军的行为，结果被日军用刺刀伤到头部。日军们争抢着脱玛丽的衣服，在挣扎间玛丽被他们从楼上的窗户推了下去，玛丽不慎坠楼身亡。之后日军发现教堂里还有一间阁楼，他们踩着梯子要打开阁楼的门却怎么也够不到，之后日军拿刺刀捅，拿枪射向阁楼，法比与英格玛神父过来告诉他们阁楼上什么都没有，让日军不要再祸害教堂，日军不依不饶地让他们找梯子过来。一直躲在不远处废弃楼房里的戴涛(胡歌 饰)看到日军闯入教堂后，他向教堂外面的空地扔了一个手雷，日军被突如其来的爆炸声吓到，日军只好拿着武器离开了教堂。不久后黑岩久治(山崎敬一 饰)与孟司长来到了教堂，黑岩久治问法比里面是否有孟书娟，法比表示死去的玛丽是他剩下的唯一学生，黑岩久治假惺惺地说自己本来想带教堂的女学生们离开南京，既然大家都已经离开，也就没有他的任务了。